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FreeBSDと同様に、GhostBSDはLinuxバイナリ互換を使用します。簡単に言えば、多くのLinuxアプリケーションはそのままGhostBSD上で実行できます。FreeBSDのハンドブックのこの節で、どのような場合にバイナリ互換が適切に動作しないのかが参照できます。
