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GhostBSDでは、３つの方法でソフトウェアをインストールできます：

• GTK+をベースに動作し、BSDのバイナリーパッケージを管理（インストールやアンインストール、検索）できるOctoPkgがあります。
• FreeBSDのパッケージマネージャPKGをコマンドラインから使用することができます（バージョン10.x以前は、古いpkg_*ツールが使われていました）。
• 多くのLinuxディストリビューションと比べてユニークな、FreeBSDのFreeBSD Portsを使用することができます。FreeBSD Portsがインストールされていれば、/usr/portsに展開されます。このディレクトリは、自動的にアプリケーションをビルドすることができるMakefile（レシピのようなものです）を含んでいます。このディレクトリには、非常に多くのアプリケーションが含まれています。このシステムはメニューをつかってコンパイルオプションを変更することができ、簡単であるにもかかわらず、柔軟なソフトウェアのインストールを可能にします。